菌核病是向日葵主要的病害。近年来，随着向日葵种植面积的不断扩大，菌核病也呈趋重态势，轻者减产2～3成，重者减产5～6成，甚至绝产。可以说，菌核病是制约全区向日葵产业健康发展的主要因素之一。
一、危害症状
向日葵整个生育期均可发病，病菌可侵染根、茎、叶、花盘等部位，主要有根腐型、茎腐型、叶腐型、盘腐型4种症状，其中根腐型、茎腐型、盘腐型受害重。
二、与气象条件的关系
雨量多，湿度大，既有利于当前的菌核病发生蔓延，又有利于病源菌留存土壤中。翌年病源菌多，再遇涝年，使发病愈加严重，适当晚播，错开雨季发病轻。连作田土壤中菌核量大，病害重。特大干旱，抑制菌核病发生，大气候背景决定了菌核病不会大的发生，当年的气象条件又不利于菌核病发生发展。重茬利于菌核病发病是在适宜的气候环境条件下发生的。
三、发生气象条件预报
根据预报模型显示，河套地区与赤峰市向日葵种植区向日葵菌核病气象条件属轻度发生年标准，河套地区始盛期为7月22-26日。赤峰市始盛期为7月24-28日；乌兰察布向日葵种植区向日葵菌核病气象条件属中度偏重发生年标准，且南部重于北部，始盛期为8月2-6日。
四、防治措施
1、轮作倒茬
向日葵菌核病属土传病害，可在土内存活3～5年，甚至更长。目前推广的向日葵品种众多，但其抗病性均不显著。控制向日葵菌核病的最佳措施是轮作倒茬，不重茬、迎茬种植，轻病区轮作周期至少3年以上，重病区轮作周期至少5年。
2、深翻抑菌
向日葵收获后，要及时将枯枝、根茬清除，并进行30厘米以上的深翻，将残留地面及浅土层的菌核翻入深层，让其在缺氧环境下难以萌发、侵染，减少病害的发生与流行。
3、增施菌肥
在施足磷钾肥的同时，增施质量好的菌肥，以促进根系发育，增强植株抗病性，抑制病菌侵染。根据内蒙古等地近年的试验示范，利根生﹙主要成分为淡紫拟青霉、抗线植物、抑菌微肥、腐殖酸、三江草炭、核心物质﹚不但可以活化土壤养分、促进根系发育、均衡供给作物微量元素外，还可在较短时间内快速增殖达到高峰期，通过占领生存空间和分泌抑菌物质抵抗某些病原微生物侵染，降低发病率。其方法是：结合播前施肥，每亩用利根生颗粒菌肥2.5千克，与化肥混匀后基施或撒施混土。建议农民朋友示范验证。
4、生长期药剂防治
向日葵现蕾至扬花前，可用40%施佳乐（嘧霉胺）悬浮剂1支（15毫升）、或50%速克灵（腐霉利）可湿性粉剂半袋（25克）、或80%迈锐（嘧霉·异菌脲）水分散粒剂1袋（10克）、或50%凯泽（啶酰菌胺）水分散粒剂1袋（12克）、或25%菌思福（啶菌·福美双）1／2瓶（50毫升），对1喷雾器水均匀喷布花盘背面、叶片及茎部；扬花结束后，再用上述药剂及浓度全株喷雾1～2次，以预防、救治盘腐型、叶腐型、茎腐型菌核病的发生与流行；根腐型菌核病的主要靠预防，而且必须加大药剂剂量，可于灌头水时，用50%速克灵（腐霉利）可湿性粉剂300～400克、或50%嘧霉胺可湿性粉剂500克随水冲施。