从整体来看，新种子法共十章94条，旧种子法（2004年版）共十一章78条。新种子法新增新品种保护和扶持措施两章，并将旧种子法中的种子生产、种子经营、种子使用、种子质量四章合并为种子生产经营、种子监督管理，旧种子法中的“种子行政管理”章节名在新种子法目录中没有出现。我们来做对比。
新旧种子法对比要点（以新种子法目录为顺序）
第二章：种质资源保护
变化：个别条款进行充实，变化率约10%（农财君所用的变化率，即预估不同之处篇幅占新种子法的比率，仅供参考）
与旧种子法相比，新种子法明显加了一句话“占用种质资源库、种质资源保护区或者种质资源保护地的，需经原设立机关同意。”，并且对第十一条内容进行了充实。
新种子法第十一条：国家对种质资源享有主权，任何单位和个人向境外提供种质资源，或者与境外机构、个人开展合作研究利用种质资源的，应当向省、自治区、直辖市人民政府农业、林业主管部门提出申请，并提交国家共享惠益的方案；受理申请的农业、林业主管部门经审核，报国务院农业、林业主管部门批准。从境外引进种质资源的，依照国务院农业、林业主管部门的有关规定办理。
第三章：品种选育、审定与登记
变化：全新的表达方式，变化率约70%
本章新种子法共13条，旧种子法共9条，仅末尾2条款文字较为雷同。
在品种审定方面，新种子法新要求：
第十七条：实行选育生产经营相结合，符合国务院农业、林业主管部门规定条件的种子企业，对其自主研发的主要农作物品种、主要林木品种可以按照审定办法自行完成试验，达到审定标准的，品种审定委员会应当颁发审定证书。种子企业对试验数据的真实性负责，保证可追溯，接受省级以上人民政府农业、林业主管部门和社会的监督。
附则中主要农作物是指稻、小麦、玉米、棉花、大豆。
在品种登记方面，新种子法新要求：
第二十二条国家对部分非主要农作物实行品种登记制度。列入非主要农作物登记目录的品种在推广前应当登记。
实行品种登记的农作物范围应当严格控制，并根据保护生物多样性、保证消费安全和用种安全的原则确定。登记目录由国务院农业主管部门制定和调整。
申请者申请品种登记应当向省、自治区、直辖市人民政府农业主管部门提交申请文件和种子样品，并对其真实性负责，保证可追溯，接受监督检查。申请文件包括品种的种类、名称、来源、特性、育种过程以及特异性、一致性、稳定性测试报告等。
省、自治区、直辖市人民政府农业主管部门自受理品种登记申请之日起二十个工作日内，对申请者提交的申请文件进行书面审查，符合要求的，报国务院农业主管部门予以登记公告。
对已登记品种存在申请文件、种子样品不实的，由国务院农业主管部门撤销该品种登记，并将该申请者的违法信息记入社会诚信档案，向社会公布；给种子使用者和其他种子生产经营者造成损失的，依法承担赔偿责任。
对已登记品种出现不可克服的严重缺陷等情形的，由国务院农业主管部门撤销登记，并发布公告，停止推广。
非主要农作物品种登记办法由国务院农业主管部门规定。
第四章：新品种保护
变化：增加的内容，变化率约100%
共6条，请直接查看原文
第五章 第六章：种子生产经营、种子监督管理
变化：看着相同，实则不同，变化率约50%
新种子法两章共26条，旧种子法四章共29条。
明显新增的内容：
新种子法明确提出“只从事非主要农作物种子和非主要林木种子生产的，不需要办理种子生产经营许可证。”，旧种子法的种子生产一章没有提及“非主要农作物”。
新种子法第三十六条比旧种子法相关内容更为严格：
第三十六条 种子生产经营者应当建立和保存包括种子来源、产地、数量、质量、销售去向、销售日期和有关责任人员等内容的生产经营档案，保证可追溯。种子生产经营档案的具体载明事项，种子生产经营档案及种子样品的保存期限由国务院农业、林业主管部门规定。
旧种子法是这么说的：
第二十五条商品种子生产者应当建立种子生产档案，载明生产地点、生产地块环境、前茬作物、亲本种子来源和质量、技术负责人、田间检验记录、产地气象记录、种子流向等内容。
曾经受争议的旧种子法“第三十七条农民个人自繁自用的常规种子有剩余的，可以在当地集贸市场上出售、串换，不需要办理种子生产经营许可证。”在新种子法中保留，它是旧法中的旧文。
曾有争议、认为不可行的旧种子法“第三十八条调运或者邮寄出县的种子应当附有检疫证书。”在新种子法中成为“第四十三条运输或者邮寄种子应当依照有关法律、行政法规的规定进行检疫。”
新种子法对分装种子等进行了完善：
第三十八条种子生产经营许可证的有效区域由发证机关在其管辖范围内确定。种子生产经营者在种子生产经营许可证载明的有效区域设立分支机构的，专门经营不再分装的包装种子的，或者受具有种子生产经营许可证的种子生产经营者以书面委托生产、代销其种子的，不需要办理种子生产经营许可证，但应当向当地农业、林业主管部门备案。
旧种子法曾说：
“种子经营者专门经营不再分装的包装种子的，或者受具有种子经营许可证的种子经营者以书面委托代销其种子的，可以不办理种子经营许可证。”
种子检验员的条件放宽
旧种子法曾说：
“种子检验员应当具备以下条件：
（一）具有相关专业中等专业技术学校毕业以上文化水平；
（二）从事种子检验技术工作三年以上；
（三）经省级以上人民政府农业、林业行政主管部门考核合格。”
新种子法仅用了一句话“种子检验员应当具有中专以上有关专业学历，具备相应的种子检验技术能力和水平。”
新旧种子法对假种子的范畴定义基本一致，对劣种子的范畴定义较为不同。
旧种子法曾认为以下是劣种子：
（一）质量低于国家规定的种用标准的；
（二）质量低于标签标注指标的；
（三）因变质不能作种子使用的；
（四）杂草种子的比率超过规定的；
（五）带有国家规定检疫对象的有害生物的。
新种子法明确以下是劣种子：
（一）质量低于国家规定标准的；
（二）质量低于标签标注指标的；
（三）带有国家规定的检疫性有害生物的。
接着新种子法第五十条至五十六条内容较新颖，不仅对农业、林业主管部门及其工作人员的权利进行了说明与约束，还首次提及种子行业协会、种子质量认证等内容。
第七章 种子进出口和对外合作
变化：几乎一样，变化率约0%
第八章：扶持措施
变化：全新的内容，变化率100%
此章节是旧法完全没有的。
认真的你可能会问，旧种子法第九章种子行政管理去哪了？它并入新种子法第六章种子监督管理，除了原先的行政管理外添加了各项监督规定。
第九章：法律责任
变化：改动较大，具体了许多细节以及加重处罚，变化率约80%
新种子法此章共22条，旧种子法此章共15条。
新种子法加大了对经营假种子、劣质种子的处罚，并分开处罚，尤其对于假种子处罚力度更大。
新种子法较为突出的一点是，只要是违法经营假劣种子被判处有期徒刑以上刑罚时……刑罚完备之日起五年内不得担任种子企业的法定代表人、高级管理人员（旧法完全没有提及这点，新法在几个地方都着重强调这点）。